ciao
su ogni vhost puoi aggiungere un php.ini che va a sovrascrivere il primario
ci sono diversi metodi per ottenere questa configurazione, a seconda del grado di sicurezza che vuoi avere ed a seconda di come è eseguito php in apache.
in sostanza dipende da come hai configurato il tuo webserver
cercando su google "apache vhost php.ini" senz'altro trovi molte fonti in proposito
ciao!