il pagamento avviene usando un gateway esterno che preferisci, e del quale esistono già moduli per l'interfacciamneto con jommla/VirtueMart.
Generico potrebbe essere paypal che sicuramente conosci, ma se preferisce usare i servizi offerti dalla propria banca li deve interpellare e farsi dare le informazioni necessarie, a questo punto ti devi preoccupare tu dell'interfacciamento.
cerca nel forum che trovi un sacco di informazioni già scritte, che è perfettamente inutile ripetere, oltre alle ottime guide del wiki
ciao
jk