Ti capisco, anche io ho cominciato da poco a usare Joomla e soprattutto senza leggere guide, e ci ho messo un bel po' a capire come funziona (e ne ho ancora!!)...
Comunque, come hai detto correttamente tu, le sezioni non sono altro che dei gruppi che contengono, a loro volta, dei sotto-gruppi, ovvero, le categorie. All'inizio anche io non capivo a cosa servissero...
Quando crei un menu, questo ha dei link (voci di menu) e quando li crei devi specificare il "tipo" (es. visualizzazione singolo articolo, visualizzazione contatto ecc...) e le categorie e sezioni ti servono quando, ad esempio, imposti "visualizzazione categoria/sezione" per fare in modo che, clickando su quella voce, ti si apra una pagina che ti mostra tutti gli articoli presenti nella sezione/categoria che hai specificato nella creazione...
E gli articoli che pubblichi in home page non c'entrano con le sezioni e le categorie, la prima pagina diciamo che è una cosa a sé dove decidi tu quali articoli pubblicare...
Spero di essermi fatto capire, se posso esserti d'aiuto per altro, rimango qui!