si. lo puoi installare in una cartella secondaria o meno. joomla è in php quindi non crea fastidio al vecchio sito che è in html.
il problema, se c'è ed è minimo è l'hosting che usi. deve essere linux e non windows. in questo caso devi fare il trasferimento, ma prima devi salvare tutti i file perchè ti vengono cancellati, poi li ricarichi e inizi a lavorare con joomla