puoi provare ad inserire a mano da phpmyadmin i dati nella tabella Jos_users, ma mi sembra ci siano dei valori che genera joomla (tipo l'hash della password) e che non puoi scrivere direttamente.
comunque il motivo è assurdo.
non sprechi assolutamente nulla: non è come uno spazio su disco inutilizzato, è solo che l'indice salta un numero.