in phpmyadmin selezioni la tabella (o ancora meglio tutte le tabelle del db) e nella finestrella sotto, dove dice "se selezionati" scegli "Ottimizza" dal menù a discesa.
operazione che è consigliabile eseguire abbastanza spesso, a seconda del traffico generato dal sito sul db. Io la faccio almeno una votla a settimana.