Ma è veramente necessario che quei file stiano nella cartella includes?
Non sarebbe forse meglio farli stare nella cartella del componente?
Per quanto riguarda il tuo problema, tramite l'XML gli passi gli indirizzi dei file, dove prenderli e dove deve copiarli.
Guardando però alcuni XML, presi da esempio, per l'installazione la directory principale di default è component, modules, plugin o template, preciso che sei tu a dirgli quale è tramite questa riga:
<install type="component" version="1.5.0">
In questo esempio prenderà come directory root component.
Se proprio non puoi fare a meno di installare quei file nella cartella includes, potresti mettere nell'XML questa istruzione:
<installfile>install.componente.php</installfile>
Durante l'installazione del componente, joomla esegue quel file, dove sono scritte le eventuali istruzioni per far installare quei determinati file nella cartella includes.