che cosa cambia se usi due o quattro DB? niente...
l'applicazione e la macchina da usare si scelgono sulla base della quantità di dati da gestire e del numero di utenti che vi accedono.
pertanto è su questi parametri che devi focalizzare l'attenzione, avere uno o due db, se sono sulla stessa macchina non cambia niente; se usi applicazioni differenti usa db differenti, altrimenti la domanda non ha senso.
quello che fa la differenza è come sono progettati i DB non quanti sono: credimi ho fatto il DBA per anni.
Joomla! è un ottimo punto di partenza e va bene per quasi tutto, ma PRIMA PIANIFICA!! ovvero studia bene il progetto, focalizza le necessità e poi intallati joomla e vedi se soddisfa le richieste fondamentali del tuo progetto (in termini di funzioni e di usabilità), per il resto si trovano sempre delle soluzioni.
È vero che joomla ha limitazioni nell'ambito di siti grandi (ma intendiamoci su che significa grandi

) in particolare nella gestione delle ACL e delle lingue, ma ti assicuro che uno sviluppo su typo3, tanto per citarne uno, è fuori dalla portata del giovane sviluppatore, anche se in gamba e di buona volontà.

quindi: carta e penna e studiare il progetto

ciao e buon lavoro,
marco