Sempre secondo il principio che magari la cosa fa comodo a qualcuno... alla fine ho capito in quale file bisogna inserire i controlli lato server per i vari componenti.
Per esempio: libraries/joomla/database/table/user.php.
Tra l'altro in questo file avevo già inserito le nuove variabili dei campi aggiunti nel form di iscrizione (veramente non mi ricordo dove ho letto tutta la procedura per aggiungere nuovi campi nei form di joomla però da qualche parte in rete sta scritta!). Nel file c'è una funzione che controlla se i campi sono vuoti o la email non è in formato valido. Nella funzione è piuttosto semplice inserire altri controlli riferiti alle nuove variabili usando le espressioni regolari. Poi si, per quanto riguarda i problemi di SQL injections, caratteri di escape e magic_quotes (che ho visto è "on") ho letto qualcosa e sarebbe da approfondire la questione ma quello che cercavo adesso era poter controllare miratamente i campi e rimandare dei messaggi di errore nel caso javascript sia disattivato. Già, perchè, come è successo a me, ho fatto tutto un javascript della miseria per far scrivere solo delle determinate cose nei campi per poi scoprire che se javascrip è disattivato e premo il tasto invio da tastiera il submit parte anche con la metà dei campi vuoti.. scusate per la forma ma ho scritto in fretta, ciao