ma non puoi lavorare anche tu in remoto?, così non hai bisogno di aggiornare nulla, ti fai solo un backup per sicurezza, perchè se no la soluzione è esportare il tuo database senza le tabelle che aggiorna l'altra persona online.
oppure prima di fare le tue modifiche importi il database che c'è online, aggiorni e lo esporti così non perdi nulla, anche se secondo me la soluzione migliore è lavorare online entrambi