Hai diverse soluzioni per poter fare questo.La piu' semplice,anche se la piu' artigianale,è quella di scaricarti tramite ftp la cartella del template che hai installato ed è in uso.A questo punto in una cartella normalmente chiamata images (o altro,la devi cercare) troverai le immagini relative al tuo template,tra cui un file che normalmente porta il nome di header (ma è sempre meglio che visualizzi le immagini e cosi' capisci subito qual'è quella abbinata all'header del template).Successivamente con un editor grafico (Corel photo,Paintshop,ecc.ecc..) ti carichi questa immagine e ne controlli la dimensione.Poi ti carichi il bannerino che vuoi inserire al posto dell'immagine attuale del template e gli dai le stesse misure dell'header originale,facendo attenzione ovviamente ad eventuali storpiature dell'immagine.In tal caso dovrai cercare di sistemarla nel migliroe dei modi.La salvi e la ricarichi tramite ftp sovrascrivendo quella esistente.Ed il gioco è fatto.Ti troverai nel template l'header tua preferita al posto di quella originale.
Altra soluzione è utilizzare editor per templates (non ne ho mai trovati "free",tutti a pagamento).Addirittura ci sono alcuni editor template che lavorano direttamente sul server.
Ciao
Enzo