Fai bene a salvarti tutto ma proprio tutto
Quello che devi eliminare sono solo le cartelle e i file di Joomla. Se non circordi quali siano le cartelle basta che decomprimi il file zippato di joomla in una cartella sul tuo computer e avrai così il riferimento certo a cosa devi cancellare. In ogni caso dovrai farlo per poi trasferire tutto via ftp sul sito.
Ma non me ne farei un problema visto che ti stai trasferendo tutto il sito (hackerato) i files che ti servono dopo (immagini, mp3, html) li hai e non dovrai fare altro che ritrasferirli una volta che avrai completato la nuova installazione.
Per quanto riguarda gli utenti non devi importare l'intera tabella jos_users perchè essa contiene anche l'utente admin che ti verrà creato con la nuova installazione.
Quando sarà il momento ti spiegherò come devi fare per importare solo gli utenti ad esclusione dell'utente admin. Non è difficile, laborioso ma non difficile.
Personalmente ormai dò supporto solo se capisco che la soluzione non è semplice e immediata e a chi dimostra di avere la volontà di lavorare ed impegnarsi oltre le semplici indicazioni che posso dare. E tu lo hai dimostrato con le tue domande mirate (a parte l'uso del phpmyadmin che dovresti approfondire
)
Se ti è possibile fai un elenco di tutti i moduli, i componenti e i plugin che hai installato e che non sono nell'installazione di joomla segnandoti in modo particolare la versione dell'estensione.
In questo modo potrai recuperarli e valutare se effettivamente uno di questi non era aggiornato e poteva essere la causa del problema.
Ciao