Lo scrivo per tutti quelli che hanno o avranno lo stesso problema:
"anch'io ho avuto un problema simile, ed ho risolto il tutto installando joomla sulla parte linux, infatti se vedi bene l'indirizzo via ftp per inviare i dati sulla parte linux è :
lnx.nomesito.com ( o .it; .org, ecc) quindi una volta caricato il tutto su quella parte dello spazio a tua disposizione esegui l'installazione normalmente.
per fa funzionare direttamente il server linux, poi, devi impostarlo, come avevi già detto tu, dal pannello di controllo."
Spero di esservi stato utile