Non è solo jos_users a gestire gli utenti, ci sono anche:
jos_core_acl_aro
jos_core_acl_aro_groups
jos_core_acl_aro_sections
jos_core_acl_groups_aro_map
dovresti importare anche queste.
Per non incorrere in inconvenienti, quando devi fare modifiche al db, ricorda sempre di fare prima un backup.