Per risolvere questo problema basta mettere mano al codice dei joomla.
Quello che ho fatto io è stato togliere dalla mail che viene inviata all'utente che si registra il link di attivazione così posso abilitarlo io nel backend.
La riga da modficare contenuta nel file controller.php (components/com_user/)
La riga da modificare è :
$message = sprintf ( JText::_( 'SEND_MSG_ACTIVATE' ), $name, $sitename, $siteURL."index.php?option=com_user&task=activate&activation=".$user->get('activation'), $siteURL, $username, $password);
basta sostituire il terzo parametro con un variabile nulla.
poi ovviamente dovrete cambiare anche il contenuto della mail e quello è facile da fare basta andare nel file languages e cambiare il contenuto della variabile SEND_MSG_ACTIVATE
Ciao