Ciao riga75,
ho fatto il test su Joomla 1.5.12 con il nuovo JCE e dopo aver attivato il parametro "Allow Javascript", che di default in effetti è su NO, mi permette l'inserimento in html del codice javascript e lo mantiene corretto.
Ti chiedo per cortesia di riportare per intero il codice Javascript che non riesci ad inserire così faccio una prova con quel codice.
Aggiungo che uso Firefox per fare queste operazioni.
Ho riscontrato problemi ad usare JCE sulla 1.5.12 con IE8