comunque a livello di vetrina non è cambiato nulla.
E' ovvio. Se non cancelli i records non può cambiare nulla

Se hai dubbi fai prima un backup del database in modo che puoi sempre tornare indietro.
Il comando sfoltisci url non ti cancella quello che hai creato (url personalizzate, tag, ecc), ma il superfluo, che non ti fa funzionare la parte seo/sef come vuoi tu. E ti fa generare l'errore.
Per sicurezza, giustamente, fai prima un backup di tutto. I backup non bastano mai.