Quando "pulisci" le url queste devono essere ricreate. Se hai un gran numero di pagine, categorie, sezioni, componenti.. Sh404 ha difficoltà a riprenderle tutte. Se non hai un link - voce di menù - "visibile" non si ricreano la url.
Di solito conviene utilizzare subito dopo lo sfoltimento un programma online che generi una sitemap. Scansiona il sito e ricrea le url.
Poi ci sono componenti particolari. Ad esempio, con sobi2, famosa directory. Le categorie della directory, allo sfoltimento delle url, non vengono ricreate se non si esegue un'operazione di recount.