Avere il sito in root è piu' una comodità.
Avere joomla in una sottocartella, non viene assolutamente penalizzato nell'indicizzazione, a patto di ottimizzare Sef/seo metadati ecc ( come del resto devi fare anche avendolo in root)
Puoi provare con l'installer, nulla ti vieta di spostarlo in root in un secondo momento.