Dopo due giorni di sbattimenti e di ricerche ininterrotte sono riuscito a capire qual'è il file che sostituendolo mi causa l'errore dei link interni (in poche parole tutti i link interni al sito conducono alla home invece che aprire le pagine giuste)
il file è il methods.php che si trova in:
libraries/joomla, inoltre in tale file alla voce:
// Replace spaces
$url = preg_replace('/\s/u', '%20', $url);
togliendo la "u" e quindi lasciando '/\s/' tutto funziona bene.
Siccome non ci capisco nulla di php e sono arrivato a questa conclusione per esclusioni e tentativi mi piacerebbe sentire da un esperto se ha qualche idea del perchè mi è successo questo e se questa modifica può procurare problemi.
grazie a tutti