Problema risolto:
praticamente (non so perchè) come dice la guida non mi funziona il richiamo del foglio di stile, mentre scrivendolo come lo scriveva l'estensione per il programma proprietario, si.
Vecchio codice:
<link rel="stylesheet" href="<?php echo $this->baseurl ?>/templates/giugno2009/css/style.css" type="text/css" />
Nuovo codice:
<link rel="stylesheet" href="templates/<?php echo $this->template ?>/css/style.css" type="text/css" />