Proprio perchè non esisteranno più devi fare il redirect 301.
In pratica funziona così: supponiamo che io abbia la vecchia versione del file sia www. miosito.it/pippo.php mentre la nuova versione del file sia www. miosito.it/pluto.php
Dopo aver cancellato il file pippo.php inserisco nel file htaccess la direttiva:
Redirect permanent http: //www. miosito.it/pippo.php http: //www. miosito.it/pluto.php
in modo che quando qualcuno (tramite un link o una quesry ad un motore di ricerca non aggiornato) chiederà al mio sito il file pippo.php, il server gli restuirà il file pluto.php
Ovviamente la direttiva va aggiunta PER OGNI file che vuoi reidirizzare (se hai 100 articoli, va reindirizzata per tutti e 100).
Non so se estistono strumenti che automatizzino in parte o in tutto la procedura..
Cmq, ora che ci penso, se il tuo sito è stato indicizzato col Sef attivato, probabilmente tutto questo non è necessario, basta fare in modo che sul nuovo sito il sef generi gli stessi indirizzi...