L'immagine di Joomla, che non è banner ma un logo, lo puoi modificare cambiando il nome dell'immagine mw_joomla_logo.png alla riga 82 e seguenti nel file templates/rhuk_milkyway/css/template.css ed inserendo nella cartella templates/rhuk_milkyway/images la tua nuova immagine con le stesse dimensioni della precedente.
div#logo {
-moz-background-clip:border;
-moz-background-inline-policy:continuous;
-moz-background-origin:padding;
background:transparent url(../images/mw_joomla_logo.png) no-repeat scroll 0 0;
float:left;
height:75px;
left:0;
margin-left:30px;
margin-top:25px;
position:absolute;
top:0;
width:298px;
}
I link che vuoi togliere sono il modulo che si trova nella posizione user3 di nome Menu top.
Per disattivarlo vai in estensioni->moduli e lo disattivi.