Ma che versione di Explorer hai ?
Io personalmente ho avuto un problema del genere su di un sito organizzato con una colonna di dx, una centrale ed una di sx.
Su certe versioni di explorer la colonna di dx veniva mostrata non a fianco delle altre, ma dopo, in fondo alla pagina.
In questo caso ho dovuto modificare direttamente il template andando a ridurre le dimensioni della colonna centrale di pochi pixel (e quindi lasciando piu' spazio a quella di dx).
Questo problema deriva da un noto bug presente su explorer, che ovviamente come tutte le cose di Microsoft...
Ciao