I 2 siti coesistono benissimo, solo che digitando l'indirizzo del sito, comparirà solo quello in html, perchè viene caricato prima index.html in assenza del primo carica index.php (la pagina iniziale di joomla).
Potresti creare un index.html dove riporti l'accesso sia al primo sito, e sia al secondo fatto con joomla.