Credo ti convenga inserire il codice in una sezione del template, invece che in un articolo, se vuoi che compaia su tutte le pagine.
Per esempio puoi metterla nel footer.
Per farlo, puoi modificare index.php del tuo template, in modo opportuno.
Per quanto riguarda l'inserimento di codice html nel corpo di un articolo, mi pare strano che sparisca. Non vorrei che l'editor se ne avesse a male e non salvasse nulla quando il testo dell'articolo è vuoto, nonostante, comunque, ci sia del codice html dietro.
Non riesco a fare un test ora, magari stasera vedo di verificare questa ipotesi.