Allora devi agire sul file index.php del tuo template, che puoi anche vedere aperto in estensioni/gestione template/clicchi sul template da modificare e poi su modifica html.
Vedrai così che la struttura fondamentale del template di Joomla! è sostanzialmente in html, con gli opportuni e ben posizionati inserti in php 
Grazie tonicopi.
Lì, in effetti, ci sono gli strumenti per agire sia sull'HTML che sui CSS.
In realtà, però, non c'è il codice completo. In effetti viene tutto creato dinamicamente attraverso vari "rimandi" ad altri file .php che si trovano nella cartella /css.
Il mio problema è molto semplice: volevo inserire questa riga html:
<link rel="shortcut icon" href="http://www.nomesito.it/images/icona.ico" />
Serve per far comparire l'iconcina accanto alla barra dell'indirizzo di un sito internet.
Io, molto pacchianamente, ho inserito quella riga di codice nell'index.php che hai detto tu, e funziona...

Ma, secondo voi, c'è un modo più "Joomlesco" per inserire le icone all'interno della pagine? Inoltre non ho previsto nessun codice dinamico all'interno di quella riga, mentre gli altri "href" del file "index.php" hanno, al loro interno, del codice dinamico tipo
<?php echo JURI::base();?>templates/<?php echo $this->template; ?>
Questo potrebbe compromettere di un pizzico la stabilità della home page?
Grazie tante per l'aiuto.
Ciao a tutti