non è nella logica joomler inserire codice da nessuna parte, ci sono dei moduli che fanno quello che ti serve e puoi pubblicarli (volendo) solo nelle pagine che ti servono..
cercali su www.joomla.org
Condivido solo il parte l'idea che non si possa mettere mano al codice ma sia necessario usare moduli per tutto.
Di certo, sono d'accordo che gli interventi sul core sono da evitare il più possibile per molti motivi, in primis quelli legati agli update.
In questo caso specifico in cui la funzionalità non è strettamente legata a Joomla, ma è una attività collegata al monitoraggio dell'intero sito non ci vedo nulla di male a modificare il template (cosa che per altro si fa abbastanza comunemente per adattare la grafica) ed inserire porzioni di codice per attività particolari.
Personalmente ho trovato comodo aggiungere la chiamata Google Analytics direttamente nel footer.
Alcuni suggeriscono di metterla addirittura fuori dal <body> (ma non so quanto poi influisca sulla validazione XHTML)
Tra l'altro, l'aggiunta di un modulo implica sempre la necessità di un tempo di elaborazione necessario per recuperarne i dati, costruire l'istanza e renderizzarlo, cosa che viene evitata con l'inserimento diretto del codice di G.A.