per i css non so se ti è utile, magari già lo sai
soluzione 1. usi nel css dove vuoi la regola *html prima di ogni div o classe..del tipo
*html .footer { font-size: 10px; }
così si applica solo su IE6, ma mi sembra che possa dare problemi nella validazione W3C
altrimenti inserisci nell'index un
<!--[if IE 6]>
<link type="text/css" rel="stylesheet" href= url del tuo IE6.css" />
<![endif]-->
questo per i css..
per lo switch del template mm..forse è possibile non mi è mai capitato, di solito ho sempre risolto con i css..