Ciao Bobbix,benvenuto sul forum di Joomla!!!
Ho avuto anche io esperienza al riguardo in quanto collaboro con diversi programmatori che sviluppano applicazioni esterne.
Quello che ti posso dire è che ognuno ha presentato diversi problemi, ma che sono stati risolti direttamente dall'applicazione e non modificando joomla.
L'ultimo esempio che mi è capitato è stato un problema di cookies:
- utilizzare la modalità wrapper ha provocato una mancanza di lettura dei cookies e l'applicazione non inizializzava le sessioni
- l'utilizzo di addon per includere codice PHP forse potrebbero essere la soluzione per te migliore.... ma dipende sempre dalla complessità dell'applicativo che stai andando a gestire
Darti una info precisa al riguardo risulta difficile......
In un altro caso abbiamo adottato la tua ultima proposta, ovvero di far aprire l'applicazione esternamente per renderla indipendente dal CMS, mantenendo però lo stesso template e grafica del sito.