Effettivamente anche io ho problemi con JoomlaPack, se faccio una copia e poi confronto il numero di file con quelli che ho sul pc in locale me ne mancano sempre un centinaio, l'ultimo ripristino che ho fatto con joomlaPack mi ha creato un casino pazzesco nel lato amministratore facendo sparire tutte le icone.
La versione che uso è l'ultima...
Comunque io per sicurezza ti consiglio di scaricarti i file dal server uno a uno tramite ftp (nel senso che li selezioni tutti e scarichi..lol) usi joomlapack per fare una copia del database e poi riuppi il tutto sul nuovo spazio. Una volta riuppato tutto crei un nuovo database e ci importi le tabelle del vecchio, poi ti basta modificare i riferimenti al database nel file confing di joomla e il sito è nuovamente apposto.
Ultimo consiglio... fatti una copia di joomla con tutti i componenti e pluging e moduli di cui hai bisogno per creare i tuoi siti, poi ogni volta che aggiorni un sito esporta il database e reimportalo nella copia sul pc, naturalmente se installi nuove applicazioni per joomla installali prima anche nella copia e poi impoerta il database, fallo per tutti i siti che hai e tieniti una copia vergine (con tutto quel che ti serve di solito) da parte per i nuovi lavori che farai e sarai sempre al riparo da brutte sorprese oltre che effettuare i cambi host meglio.