Ciao ira-ct.
Non voglio smontare il tuo lavoro ma... mi sa che dovresti un attimo approfondire alcuni concetti magari leggedo
questo articolo.
Nel tuo template hai messo un unico container <div id="menu"> all'interno del quale ci sono tre tag che includeranno i moduli nelle posizioni left, top e bottom più il tag che includerà i contenuti.
Questo significa, verosimilmente, che i contenuti prenderanno il sopravvento sui moduli pubblicati nella posizione left non essendo questa opportunamente formattata.
Questa, a mio parere, sarebbe stata una struttura più corretta anche se potrebbe essere migliorata.
<div id="menu" >
<div class="colonna-destra">
<jdoc:include type:"modules" name="left" />
</div>
<div class="menu-alto">
<jdoc:include type="modules" name="top" />
</div>
<div class="contenuti">
<jdoc:include type="component" />
</div>
<div class="zona-bassa">
<jdoc:include type="modules" name="bottom" />
</div>
</div>
E come vedi non c'è la posizione right
