ma no..
non scompare niente, un aggiornamento o una sovrascrittura completa in un qualsiasi software open-source non fa altro che sovrascrivere un file con un'altro..
ad esempio se c'è un file chiamato
cane.php
lo sovrascriverà solo se ci sarà un altro file con lo stesso nome, cioè
cane.php
mentre se nel sito ci sono altri file, ad esempio
cane.html
cane.asp
cane.txt
.cane
ecc...
non saranno minimamente interessati ne modificati..
non è come nei sistemi win dove installi e disinstalli tutto e compili il registro di sistema con quei file .exe
insomma, leggi le istruzioni e seguile vedrai che non accade niente..