Togli semplicemente la voce di menu che linka quell'articolo.
Attenzione a non far generare errori 404 di pagina non trovata che è il più brutto, sostanzialmente per i motori di ricerca è come se tu stai dichiarando il falso mettendo un link che non porta a niente e si viene penalizzati anche parecchio.
Dai una spulciata alla lista delle pagine non trovate e controlla da chi e dove vengono linkate, nel caso cancella le voci di menu o aggiorna con i nuovi puntamenti, anche se joomla quest'ultimo passo lo fa automaticamente, in quanto non linka i nomi pagina ma i rispettivi id da database; comunque siccome non so cosa tu abbia combinato per generare tutti quegli errori 404 allora ti consiglio, ripeto, di annotare su un foglio e controllare, anche al più presto perchè i bots non aspettano e non sanno neanche cosa sia la domenica.