il modo più veloce e semplice per farlo è creare due template praticamente identici a differenza solo della seconda e terz colonna. nel senso che uno avrà tutte e tre le colonne, mentre l'altro ne avrà solo due. in questo modo li puoi gestire in maniera differente senza che uno vada in contrasto con l'altro. l'altro modo sarebbe di impsotare le larghezze delle colonne non in pixel ma in percentuali, e mettere nella index.php qualche controllo sulle colonne( esempio nella index.php prima di scrivere il codice per la terza colonna gli metti una if che conta i moduli presenti in quella posizione e se sono maggiori di 0 allora ti crea il div della terza colonna altrimenti ti lascia le prime due). Il metodo dovrebbe essere coungModules in qualche template è già presente questa cosa, magari prova a dare un'occhiata in modo da vedere come funziona.
ciau
(toni m'ha fregato sul tempo XD )