prima cosa l'ho rinominato in .htaccess
poi ho modificato le seguenti voci in questo modo
# Options FollowSymLinks
#
mod_rewrite in use
RewriteEngine On
RewriteBase /
nome_root_del tuo sitose non funziona ancora prova a modificare il file htaccess con questo: (ricordati però di fare una copia del file htaccess originale)
##
# @version $Id: htaccess.txt 1570 2005-12-29 05:53:33Z eddieajau $
# @package Joomla
# @copyright Copyright (C) 2005 Open Source Matters. All rights reserved.
# @license http://www.gnu.org/copyleft/gpl.html GNU/GPL
# Joomla! is Free Software
##
#
# mod_rewrite in use
#
RewriteEngine On
##
## NOTE!
## When using multiple Joomla sites or other web applications in sub-folders,
## you must explicitly turn the RewriteEngine off or use the settings
## recommended for the application
##
# Uncomment following line if your webserver's URL
# is not directly related to physical file paths.
# Update YourJoomlaDirectory (just / for root)
RewriteBase /
#
# Rules
#
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !\.(jpg|jpeg|gif|png|css|js|pl|txt)$
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*) index.php
ti ricordo che per attivare il SEO bisogna seguire un procedimento particolare, per questo ti invito a fare una ricerca sul forum o sul sito per leggere i passaggi da eseguire (necessari per il corretto funzionamento del sito)
Tempo fa anche io ho riscontrato il tuo stesso problema ecco la mia discussione...se può esserti d'aiuto:
http://forum.joomla.it/index.php?topic=80115.0