Ciao bafio58,
il problema da te vissuto non riguarda in particolare il core di Joomla, da quello che vedo, ma dal tuo antivirus gratuito che, erroneamente, vede un trojan laddove invece c'è un file che inizializza una variabile di sessione per farti entrare nel tuo pannello di controllo.
Anche altri antivirus creano questo tipo di problemi, ne esiste uno molto noto e a pagamento che, in fase di installazione di joomla, blocca la procedura e chiede se bisogna proseguire con il sito in questione, benchè l'antivirus lo ritenga fraudolento, ma una volta confermato il voler proseguire, al secondo passaggio il problema scompare.
Non conosco le impostazioni del tuo antivirus, ma non ha un'area dove puoi inserire il tuo dominio come sito sicuro?