Secondo la mia esperienza, è probabile che quando si installa/disinstalla moduli, componenti, plugin, qualcosa vada a rompere le scatole a core di Joomla e crei un malfunzionamento - in questo caso - dell'icona pdf.
Può darsi che qualche modulo, componente o plugin, dia "noia" e ti crei il problema.
In questo caso, installa un modulo, componente o plugin, alla volta, e ogni volta fai un test per vedere se l'icona pdf funziona a dovere. In questo caso riesci a capire se il problema deriva da ciò che hai installato....