Potresti provare ad installare jfusion su joomla che sta nella root, (ti consiglio d'installare prima di jfusion sh404sef e lo lasci disattivato) poi installa jfusion e configura joomla_int per joomla nella root, basta mettere il percorso di joomla e fare salva poi clicca su Master, invece per joomla che hai nella cartella potresti configurare joomla_ext metti sempre il percorso e salva, poi clicca su Slave.
Spero che mi sia spiegato bene, se hai altri dubbi chiedi pure.