Forse fai un po' di confusione. Nel template ci sono posizioni e i moduli vengono assegnati a queste... le posizioni le vedi nel modo che ti ho spiegato...
Le sezioni, le categorie e gli articoli sono i contenuti che aggiungerai.
Un articolo, insieme ad altri, fa parte di una categoria che fa parte, magari insieme ad altre, di una sezione...
Una sezione può essere collegata ad una voce menù e cliccandola vedrai le categorie che fanno parte della sezione e cliccando su queste (categorie) vedrai gli articoli.
Idem per la categoria, può essere associata ad un menù ecc.
Oppure un articolo può essere associato ad un menù...
Credo che sia meglio che tu legga per bene il Wiki che ti ho postato, prendi un po' di confidenza con la terminologia e vedrai che ti sarà tutto più chiaro...

Buon lavoro...