devi combattere per il tuo diritto di avere un server linux!
scherzi a parte, se devi lavorare su un server w2k3, e sei un sysadmin win, io ti consiglierei di installarti i componenti separatamente, in modo da avere un controllo più granulare, e poi così magari puoi installarti mysql 5.0 e non sei costretto al 5.1
presta attenzione, prima di installare apache, che non ci sia già iis attivo ed in uso per dei servizi di rete (non è usato solo per il web!), nel caso prova ad usare joomla con questo webserver, se proprio non funziona crea un altro ip ed imposta il listen di apache solo su quest'ultimo.
ciao,
marco