Ciao,
la cosa sembra piuttosto strana, se le tabelle dei plugin sono giusti, potrebbe essere un problema legato a qualche file che si è corrotto sul server (possibilità molto remota)
Prova e creare una copia in locale sul tuo pc del sito e vedi se il problema persiste.
L'altra alternativa è dopo aver fatto un back del sito (file e database) ricaricare i file di joomla, eccetto il file di configurazione, se non hai aggiunto componenti particolari che hanno modificato il core di joomla, comunque è un'operazione abbastanza delicata.