ciao carlos,
per come la vedo io hai due possibilità:
1. frameset
crei un frameset e due frame, nel primo frame, che occupa tutta la pagina carichi joomla, nel secondo il player. il player lo controlli dal primo frame tramite js. problema: corri il rischio di far saltare l'indicizzazione del sito.
2. popup
apri un popup e pagina per pagina controlli se esiste ancora: solo se non esiste lo crei. problema: devi fare un po' di prove dato che non so se funziona (intendo dire: window.open ti restituisce l'handle del popup, ma come lo passi alla pagina successiva?)
ciao,
marco