ciao Sergio,
raddrizzare un albero nato storto non è sempre facile come sembra.
Comunque se con tutti i browsers si vede bene non capisco il motivo non dovrebbe funzionare con IE.
se fai una ricerca qui sul forum troverai migliaia di post in cui si lamentano problemi di visualizzazione tra IE e gli altri browser. questo è dovuto dal fatto che IE adotta uno "standard" solo suo per interpretare il codice sorgente.
tutto è risolvibile certo, ma non sempre il gioco vale la candela.
imho, in questi casi si fa prima a trovare un template che funzioni bene e magari modificarlo graficamente secondo i propri gusti che aggiustare uno con dei problemi.
comunque se sei così affezionato a questo template allegalo al post o manda un link da dove si può scaricare, così gli si può dare un'occhiata