Ciao, forse ti do una soluzione banale quanto (probabilmente) efficace.
Hai creato la tua pagina "index.htm" e ci hai messo la musica di sottofondo, creando poi il tasto "skip intro".
Puoi fare una bella cosa, dopo aver premuto il tasto, aprire una blank_page, anzichè usare la stessa pagina. In questo modo ti ritrovi la pagina iniziale in secondo piano, con la musica che "scorre". E non ti serve neanche uno "stop". Qualora si volesse eliminare la musica, basta chiudere la pagina...