Trovato il problema: Era il SEO.
Comunque non metto risolto perché devo capire come poter reimpostare il SEO e far funzionare tutto perfettamente 
Grazie.
Se ho ben capito se abiliti il SEO e il mod_rewrite hai problemi sulle pagine.
Generalmente si agisce sull'htaccess.
Ma bisogna anche vedere se il tuo fornitore di spazio web permette una cosa del genere.
Ad ogni modo prova tramite ftp a rinominare il file che trovi in root del tuo sito htaccess.txt in .htaccess e poi editarlo alla riga 23 anteponendo al suo inizio il simbolo #
Cosi' dovresti risolvere.
Per ulteriori informazioni puoi cercare qui sulle guide Configurazione SEO.
Ciao.
