Allora, spero questa esperienza ti sia servita (spaventarsi fa bene, moltissime volte la "cacazza" ti fa lavorare bene e esci "imparato" per il futuro).
Come ti avevo messo in allerta nel mio post precedente, ogni volta che fai delle modifiche in locale, per riportarle in remoto non serve solo trasferire files e cartelle, va anche fatto un export del db che hai in locale e poi fatto un successivo import in remoto, come hai però fatto solo successivamente; questo perchè molte cose sono contenute nel db, il contenuto degli stessi articoli per esempio.
Per l'errore 404 significa che o non hai ricopiato tutto per bene o che magari linki ad una risorsa che effettivamente sul tuo sito non c'è più, controlla. Su cosa ti dà il 404?
Poi un consiglio: ora che il sito ce l'hai in remoto, lavora direttamente lì, direttamente online, vedi come ti trovi, magari lavora in locale solo quando devi fare delle installazioni particolari che vuoi testare per bene prima di combinare casini in remoto, ma se è solo roba di articoli, menu o moduletti, fai pure tutto direttamente in remoto che è meglio.