a parte che serve anche la RewriteCond, la cosa non è così immediata: dipende da quali altre istruzioni ci sono nel files, per questo non te lo avevo proposto.
in teoria potrebbe essere sufficiente:
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/joomla
RewriteRule (.*) joomla/$1 [L]
con la prima riga che può, o deve, anche non esserci. poi dovresti modificare l'htaccess di joomla (probabilmente basta RewriteBase /joomla). insomma se vuoi passare a joomla, spostalo in root e fine.
ciao,
marco