Hack Inserimento Script nel index

[Sopf]

Salve,
Oggi navigando sul mio sito ho notato che ha subbito un attacco. In pratica hanno inserito uno script nel file index.php e index.html . In tutti i file index in pratica. Uno script che mi mandava in overflow una variabile. Come ha fatto ad inserire dentro sti file lo script e come evitare una cosa del genere?

[mau_develop]

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M.

[Sopf]

Ho rimosso lo script dalle pagine. Cmq guardando le statistiche di oggi ho notato che le sorgenti di traffico da google e diminuito del 50%. Ha potuto influenzare in qualche modo quel script maligno. Non viene segnalato come sito pericoloso e il PR e lo stesso. Xro?