Hai un problema di caricamento di jquery.
In particolare carichi sia il jQuery di Joomla, che questo:
http://www.stefanodalessandro.joomlafree.it/modules/mod_swmenufree/jquery-1.6.min.js (http://forum.joomla.it/view-source:http://www.stefanodalessandro.joomlafree.it/modules/mod_swmenufree/jquery-1.6.min.js)
noti subito che c'è qualcosa che non va perché le tooltip non sono caricate, a seguito di un errore (jQuery.tooltip is not a function).
Cosa è successo?
Il funzionamento di JCE è presumibilmente ottenuto tramite un plugin di jQuery. Caricando due jQuery, probabilmente i plugin vengono caricati sul primo, ed il secondo viene caricato dopo... risultato: quando la tua pagina invoca jQuery() si becca quello senza plugin, e non va più nulla.
Come lo risolvo?
Probabilmente all'interno della configurazione di mod_swmenufree potresti trovare un'impostazione per non fargli caricare il jQuery extra; altrimenti usa un plugin come jquery easy o toomanyfiles o una delle tante alternative; questi non fanno altro che assicurare che tu carichi una sola versione di jquery!